Kontrola skarbowa w spółce z o.o. – jak się przygotować, jakie obowiązki ma zarząd i jakie są jej konsekwencje?

Dla wielu zarządów spółek z ograniczoną odpowiedzialnością kontrola skarbowa brzmi jak nieuchronna konfrontacja z państwową machiną. Przedsiębiorcy często nie wiedzą, czego może żądać urząd skarbowy, jak przygotować się do kontroli skarbowej oraz jakie są obowiązki zarządu podczas takiej kontroli. W niniejszym artykule omawiamy, jakie są formy kontroli rozliczeń podatkowych w spółce z o.o., jak wygląda ich przebieg krok po kroku, co najczęściej jest sprawdzane, jakie obowiązki ciążą na członkach zarządu oraz jakie mogą być konsekwencje ewentualnych nieprawidłowości.

Formy kontroli rozliczeń podatników

Przepisy podatkowe przewidują trzy podstawowe formy kontroli rozliczeń podatników. Różnią się one zakresem uprawnień organów oraz stopniem sformalizowania:

1. Czynności sprawdzające są najmniej formalne. Mają na celu weryfikację terminowości i poprawności składanych deklaracji. Ponadto służą one ustaleniu zgodności danych z dokumentacją spółki oraz sprawdzenie zasadności zwrotu VAT. W ramach tych czynności urząd może m.in. wzywać do złożenia wyjaśnień, okazywania dokumentów, a także samodzielnie korygować oczywiste błędy.
2. Kontrola podatkowa to bardziej sformalizowana od czynności sprawdzających forma kontroli przedsiębiorcy. Skupia się ona na szczegółowej analizie ksiąg, faktur i deklaracji w celu oceny prawidłowości rozliczeń podatnika. Prowadzona jest przez pracowników urzędów skarbowych.
3. Kontrola celno-skarbowa ma najszerszy zakres i prowadzona jest przez urzędy celno-skarbowe. Podlega jej nie tylko przestrzeganie przepisów prawa podatkowego, ale również m.in. prawa celnego, gier hazardowych czy prawa dewizowego. Co więcej, ze względu na swój charakter kontrola celno-skarbowa jest dużo bardziej uciążliwa dla podatnika, stąd przyjęło się nazywać ją także „twardą kontrolą”. Przejawia się to m.in. w tym, że przy kontroli celno-skarbowej nie zawiadamia się z wyprzedzeniem o zamiarze jej wszczęcia, a także nie obowiązuje zakaz prowadzenia równocześnie więcej niż jednej kontroli czy ograniczenie czasu trwania kontroli w ciągu roku.

Kiedy można się spodziewać kontroli skarbowej w spółce z o.o.?

W dzisiejszych czasach kontrole nie są przypadkowe. Zanim urząd je rozpocznie, najpierw analizuje dane. Chodzi głównie o informacji z elektronicznych systemów, takich jak JPK, KSeF czy z deklaracji podatkowych spółki. Najczęściej kontrola następuje, gdy urząd wykryje rozbieżności w rozliczeniach, nietypowe transakcje lub znaczące zmiany w strukturze przychodów i kosztów spółki. Podejrzenia mogą także wzbudzić operacje z podmiotami zagranicznymi z tzw. rajów podatkowych, występowanie o zwrot VAT lub zidentyfikowanie schematu optymalizacji podatkowej.

Kontrola podatkowa z reguły musi być zapowiedziana. Urząd przesyła zawiadomienie co najmniej 7 dni przed rozpoczęciem działań. Jeśli kontrola nie rozpocznie się w ciągu 30 dni od doręczenia zawiadomienia, trzeba wysłać je ponownie. Wyjątkiem od tej reguły jest sytuacja, w której podatnik sam wyrazi zgodę na wcześniejsze rozpoczęcie kontroli.

W przeciwieństwie do kontroli podatkowej kontrola celno-skarbowa nie wymaga wcześniejszego zawiadomienia. Zaczyna się w momencie doręczenia upoważnienia do jej przeprowadzenia. To właśnie brak uprzedzenia i szerszy zakres uprawnień sprawiają, że ta forma kontroli uznawana jest za bardziej inwazyjną. 

Jak wygląda kontrola skarbowa w spółce z o.o. – krok po kroku

Kontrola podatkowa i celno-skarbowa zwykle nie odbywa się w siedzibie spółki. W zdecydowanej większości przypadków urzędnicy prowadzą czynności kontrolne w siedzibie danego urzędu, wzywając spółkę do przedłożenia dokumentów lub udzielenia wyjaśnień.

1. Zawiadomienie o kontroli

W przypadku kontroli podatkowej pierwszym etapem jest doręczenie zawiadomienia o planowanej kontroli. Kontrolowany otrzymuje je co najmniej 7 dni przed rozpoczęciem działań. 

Więcej na ten temat przeczytasz na naszym portalu Kontrolowana.pl w artykule Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej.

W przypadku kontroli celno-skarbowej zawiadomienie nie jest wymagane. Kontrola rozpoczyna się natychmiast po doręczeniu upoważnienia. 

2. Wszczęcie kontroli

Aby kontrola mogła się rozpocząć, kontrolujący zasadniczo musi przedstawić imienne upoważnienie. W wyjątkowych sytuacjach (np. podejrzenie przestępstwa) kontrola może zostać wszczęta na podstawie samej legitymacji służbowej. W takim przypadku upoważnienie musi jednak zostać doręczone w ciągu 3 dni. 

3. Przebieg czynności kontrolnych

Kontrola musi odbywać się w godzinach pracy firmy i nie może zakłócać jej działalności. Urzędnicy nie mogą przeszukiwać prywatnych pomieszczeń ani żądać informacji chronionych tajemnicą zawodową, np. adwokacką czy lekarską. Nie wolno też przedłużać kontroli bez ważnej przyczyny, a każda zmiana terminu musi być odnotowana. 

W toku kontroli podatkowej urzędnik może m.in.: 

• wchodzić na teren firmy,
• przeglądać dokumenty,
• przeprowadzać oględziny,
• przesłuchiwać świadków.

Kontrola celno-skarbowa (tzw. twarda kontrola) daje urzędnikom więcej uprawnień (ich zakres jest jeszcze większy, jeżeli czynności kontrolne prowadzi urzędnik będący funkcjonariuszem Krajowej Administracji Skarbowej). Mogą oni m.in.:

• przeszukiwać pomieszczenia i osoby,
• przejmować dokumenty,
• sprawdzać towary,
• używać urządzeń technicznych,
• przeprowadzać rewizje towarów. 

4. Zakończenie kontroli

Kontrola podatkowa kończy się z dniem doręczenia kontrolowanemu protokołu kontroli. Inaczej wygląda to w przypadku kontroli celno-skarbowej, której zakończenie następuje poprzez doręczenie wyniku kontroli.

Jak długo trwa kontrola skarbowa?

Czas trwania kontroli podatkowej zależy od wielkości firmy. Ustawowo, w ciągu jednego roku kalendarzowego nie może on przekroczyć: 

• 6 dni roboczych dla mikroprzedsiębiorców,
• 18 dni roboczych dla małych przedsiębiorców,
• 24 dni roboczych dla średnich przedsiębiorców,
• 48 dnia roboczych dla pozostałych przedsiębiorców.

W przypadku kontroli celno-skarbowej maksymalny czas trwania nie jest ograniczony.

Czego w toku kontroli może żądać urząd skarbowy od spółki z o.o.?

Zakres kontroli zależy od jej rodzaju, ale w praktyce najczęściej sprawdzane są rozliczenia VAT. Urzędnicy badają: 

• zgodność deklaracji z ewidencją,
• prawo do odliczenia podatku naliczonego,
• transakcje zagraniczne,
• stosowanie mechanizmu podzielonej płatności.   

Równie często kontrola obejmuje także CIT, w tym m.in.:

• koszty uzyskania przychodów,
• amortyzację środków trwałych,
• transakcje z podmiotami powiązanymi.

Jeśli spółka wypłaca wynagrodzenia pracownikom lub członkom zarządu czy dywidendy wspólnikom, kontrolowany może być również PIT w zakresie wywiązywania się przez spółkę z obowiązku płatnika. 

Obowiązki zarządu podczas kontroli skarbowej

Zarząd spółki powinien zapewnić odpowiednie warunki do przeprowadzenia kontroli. Członek zarządu może osobiście uczestniczyć w czynnościach kontrolnych, wyznaczyć pracownika do kontaktu z urzędem lub ustanowić profesjonalnego pełnomocnika (np. doradcę podatkowego).

Członek zarządu nie może także utrudniać działań organów ani przekazywać informacji nieprawdziwych lub wprowadzających w błąd. Może on jednak złożyć zastrzeżenia lub odmówić odpowiedzi, jeśli mogłaby ona doprowadzić do odpowiedzialności karnej. 

Konsekwencje kontroli podatkowej w spółce z o.o. 

Kontrola podatkowa kończy się w dniu doręczenia protokołu kontroli. Sporządza się go w dwóch egzemplarzach, z których jeden doręcza się kontrolowanemu. Jeśli nie zgadzamy się z ustaleniami zawartymi w protokole kontroli, możemy złożyć zastrzeżenia lub wyjaśnienia. Mamy na to 14 dni od dnia doręczenia protokołu. Warto to zrobić. Brak zastrzeżeń może sugerować, że spółka akceptuje ustalenia kontroli. 

Organ kontrolujący musi rozpatrzyć zastrzeżenia w ciągu 14 dni. Ma obowiązek poinformować o decyzji i uzasadnić, które zastrzeżenia zostały odrzucone, wraz z uzasadnieniem faktycznym i prawnym. 

Jeśli organ uwzględni nasze wyjaśnienia, nie trzeba składać korekty deklaracji. W przeciwnym razie zostanie wszczęte postępowanie podatkowe - urząd ma na to 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli. Postępowanie kończy się decyzją, w której określa się wysokość zobowiązania podatkowego. 

Konsekwencje kontroli celno-skarbowej w spółce z o.o. 

W przypadku kontroli celno-skarbowej nie można składać zastrzeżeń do wyniku kontroli. Możemy jedynie złożyć korektę deklaracji w terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli. W przypadku stwierdzonych nieprawidłowości zakończona kontrola celno-skarbowa przekształci się w postępowanie podatkowe, jeśli:

• nie złożymy korekty deklaracji,
• urząd nie uwzględni złożonej deklaracji,
• wystąpią przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego.

Jak przygotować się do kontroli skarbowej? 

Najlepszą ochroną przed problemami jest dobra organizacja i profilaktyka. Spółka powinna prowadzić dokumentację w sposób rzetelny i uporządkowany. Dotyczy to przede wszystkim ksiąg rachunkowych, ewidencji VAT, deklaracji podatkowych oraz umów. 

Niezwłocznie po otrzymaniu zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli (w przypadku kontroli podatkowej) lub upoważnienia do przeprowadzenia kontroli (kontrola celno-skarbowa) dobrze jest przejrzeć rozliczenia. Można to zrobić samodzielnie lub z pomocą księgowego czy doradcy podatkowego. Jeśli zidentyfikowane zostaną błędy, warto je skorygować. 

Podczas samej kontroli kluczowe jest zachowanie spokoju i współpraca z urzędnikami. Nie warto być jednak zbyt otwartym. Wiele problemów wynika z przekazywania informacji, których urząd nie żądał. Te dane mogą zostać użyte jako podstawa do stwierdzenia nieprawidłowości w protokole lub wyniku kontroli.

Podsumowanie

Kontrola skarbowa nie zawsze oznacza problemy. Jeśli spółka jest dobrze przygotowana, może przejść ją bez większych trudności. Kluczowe są:

• znajomość procedur,
• rozróżnienie kontroli podatkowej od celno-skarbowej,
• uporządkowana dokumentacja,
• wsparcie profesjonalisty (w szczególności doradcy podatkowego).

Współczesne kontrole są coraz bardziej selektywne i oparte na analizie danych. To dobra wiadomość dla firm, które działają przejrzyście i zgodnie z prawem. Potraktuj kontrolę jako proces, a nie zagrożenie. Tym sposobem możesz nie tylko uniknąć sankcji, ale też uporządkować wewnętrzne procedury i poprawić bezpieczeństwo spółki.  

Chcesz mieć pewność, że Twoja spółka jest gotowa na kontrolę? Skontaktuj się ze specjalistami z Kancelarii PragmatIQ.

Dzięki współpracy z nami zyskujesz wiedzę, doświadczenie i spokój na każdym etapie kontroli. Pomagamy naszym klientom zarówno w przygotowaniu się do kontroli podatkowych i celno-skarbowych, jak i w ich trakcie. Przeprowadzamy audyty dokumentacji księgowej i podatkowej, które pozwalają zidentyfikować i wyeliminować ewentualne nieprawidłowości, zanim zrobi to urząd. Współpracując z nami, zyskujesz nie tylko wiedzę i doświadczenie, ale przede wszystkim spokój i realne wsparcie na każdym etapie kontroli.

Szymon Wachowiak